Con la SHELL non è sincrona la chiamata quindi impossibile a prescindere sapere se è terminato il comando e se ha avuto esito positivo, per la parte [/K] ovviamente funziona allo stesso modo, ma quello è l'Eseguibile a processarlo, WScript è solo lo strumento per inviare la chiamata come Shell.
Quindi probabilmente ha lo stesso difetto della SHELL ma almeno hai possibilità diagnostica e sai se il comando lanciato è rimasto appeso o meno e che esito ha dato…
Fossi in te, farei una prova perchè potrebbe dipendere dal fatto che il CMD venga lanciato da un'applicativo e non direttamente.
Crea un File.BAT con all'interno la stringa del Command da eseguire, prima lo lanci a mano e vedi se funziona rispettando il [/K], poi lanci il File.Bat da SHELL o WScript e vedi se cambia qualche cosa, penso sia li il problema.., in questo caso temo possa non essere risolvibile se non scrivendo il Command in un File.Bat e poi lanci quello...
Non ho altro da suggerire.